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       2012年,美国儿童慈善医院的研究人员首次应用全基因组信息来诊断危重患儿。自此,新一代测序技术逐步迈向临床,应用于遗传病、传染病和癌症的诊断和治疗。随着工具的改进,从样本到结果的时间也从50小时缩短到26小时。对于患者、父母和医生而言,这无疑是个好消息。不过,究竟应采取哪种技术?全基因组、外显子组还是基因集合的检测?专家可有着不同的意见。

新一代测序在临床诊断中的应用

利用新一代测序(NGS)来做出诊断,在如今的诊疗机构中越来越普遍。由Illumina、赛默飞世尔和Pacific Biosciences的测序仪所推动,临床实验室正在生产大量的DNA序列数据。因此,研究人员和临床遗传学家发现将医学谜题转化成临床行动比以往更容易。详细




      他们的故事



一个荷兰男孩的故事

在婴儿时期,他似乎很健康。不过随着渐渐长大,他出现了学习障碍、轻微自闭症、肌张力低下等症状,这表明他可能患有遗传综合征。然而,神经系统疾病和染色体异常的检测结果均为阴性,而家族中也没有亲戚有相同的症状。




为什么我的孩子不会流泪?

Grace Wilsey是个四岁的小女孩,看上去很可爱。然而,在她灿烂的笑容背后,却有着一段痛苦的经历。Grace出生后不久,她的父母就觉得有点不对劲。她嗜睡,目光呆滞,拒绝吃东西。医生进行了多项检测,但没有结论。



这种病世界上仅有七例

这名十一岁的澳大利亚男孩叫Seth De Rooy,是世界上仅有的7名被诊断为Temple-Baraitser综合征(TBS)的患者之一,这种疾病会引发严重的癫痫、智力障碍、低肌张力和拇指、大脚趾指甲缺失。



先心婴儿的生死十天

一名新生儿出生在Lucile Packard儿童医院,但在出生后数小时内心脏多次停止跳动。她的医生已经竭尽全力来帮她,但情况仍然十分危急。于是,临床医生和研究人员决定,立即开展全基因组测序,以了解哪种药物最适合她。




      专家怎么看



外显子组测序并不一定带来正确的诊断

埃默里大学医学院的教授、遗传实验室的主管Madhuri Hegde在ACMG年会上作报告,说明研究人员在初步分析中误入歧途,但最终通过使用不同的检测方法,或利用不同的样品重复外显子组检测,找到了真正的致病突变。




新生儿的测序有望辅助代谢疾病的筛查

加州大学旧金山分校的Robert Nussbaum在ACMG年会上表示,高通量的外显子组测序有望作为辅助的筛查检测,发现新生儿的代谢疾病。




新一代测序新面临的六大挑战

当年,Solexa品牌还在的时候,Dan Koboldt就提出了NGS面临的一些挑战,包括生物信息学算法的问题,以及读长太短,工具太贵,经验太少。如今,这些问题中的大部分都已解决。不过,别高兴得太早。Koboldt认为,我们面临更新、更难的挑战。



外显子组测序可能错过致病变异

一项新的研究表明,外显子组测序往往不能产生高质量的结果。特别是,目前的外显子组测序试剂盒往往错过特定基因中的变异,包括美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)认为临床相关的56个基因。






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