测序污染有多危险,如何防范与去除[实验手册] 并不是只有Mukherjee一人发现此种情况,最近大量的报告表明,发表的基因组出现污染要不之前想象的多得多。那么这些污染是如何出现的呢?我们有能做些什么,避免这些情况的出现呢?
■ 广泛的基因污染 :
在Mukherjee 研究组意识到 PhiX 污染可能会出现了多个公布的微生物基因组中之后,这一研究组觉得量化其出现频率。通过分析调查,Mukherjee等人发现在已出版的1.8万个细菌和古细菌基因组(Integrated Microbial Genomes database)中,超过1000个序列被PhiX 序列污染。今年Mukherjee等人已经将这一发现公布在Standards in Genomic Sciences上。而这些其中的10%也出现在了同行评审的期刊杂志中…… 孙学军:细菌组学研究要小心DNA污染 微生物组测序分析的一大问题 微生物污染 比添加剂更可怕
■ 污染从哪里来?:
来自圣地亚哥州立大学的生物信息学家Rob Edwards说,污染出现的来源很多,“首先就是实验室成员可能混淆了两个样品,不小心给文件或者样本贴上了错误的标签。这些都可以通过加强实验室管理,提高实验记录保存制度等很容易解决。”…… 美公布禽流感样本被污染原因 多篇论文聚焦试管污染产生病毒
■ 如何检测及去除?
毫无疑问,在实验过程中越早剔除污染物越好,“这些污染会增加实验直接的成本,”来自爱丁堡大学的Dominik Laetsch 说,出现污染,“每分钱理论上你得到的核苷酸信息就越少,”因为需要花时间处理和分析不需要的序列。但也有个好消息——即使序列中充满了 PhiX、引物、载体和不想要物种的基因,还是能在别人看到你最终公布的基因组之前剔除它们…… 解决基因组学重要挑战的新工具 微生物清除污染物毒性细节揭开