新一代测序协助诊断原发性抗体缺陷病

【字体: 时间:2018年06月22日 来源:生物通

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  瑞典卡罗林斯卡研究所、深圳华大基因和伊朗德黑兰医科大学的研究人员本周在《Genetics in Medicine》上发表文章,表明新一代测序有望作为一线诊断工具,来诊断原发性抗体缺陷病。

  

生物通报道  瑞典卡罗林斯卡研究所、深圳华大基因和伊朗德黑兰医科大学的研究人员本周在《Genetics in Medicine》上发表文章,表明新一代测序有望作为一线诊断工具,来诊断原发性抗体缺陷病。

原发性抗体缺陷病(PAD)是一种最常见的原发性免疫缺陷病(PID),发病率大约为1/600,也是HIV病毒感染后第二常见的人体免疫系统疾病。不过,这类疾病的特点是症状重叠,且表现因致病变异的严重程度而异。

卡罗林斯卡研究所领导的研究团队认为,针对已知的PID相关基因的新一代测序panel虽然已经用于患者筛查,作为疾病诊断的第一步,但这种方法的临床敏感性较低。在这项新研究中,研究人员利用外显子组测序,在68%的PAD患者(86/126)中发现了与疾病相关的突变。

“我们建议用NGS来取代传统的多步骤遗传方法,因为它可以扩展到所有已知的PID相关基因,并且有望检测与PID相关的拷贝数变异(CNV)和新基因,”卡罗林斯卡研究所的Lennart Hammarström及其同事在文中写道。

研究人员招募了126名无亲缘关系的个体,主要是中东地区的儿童和青少年,他们都患有原发性抗体缺陷病。其中,常见变异型免疫缺陷症(CVID)81例、无丙种球蛋白血症11例、高IgM综合征14例、IgAD缺陷11例,另有9例其他类型的PAD。让人惊讶的是,在这些患者中,父母是近亲的比例高达83%。

外显子组测序分析成功诊断了126名患者中的86名。在这些患者中,47人带有致病变异以及预期的表型。另外37名患者带有已知PID基因中的变异,但表现出不典型的表型。此外,还有两名患者带有最近与该疾病相关联的变异。其余40名患者未诊断出。研究人员指出,无丙种球蛋白血症患者的诊断率最低。

对于获得基因诊断的26名患者,研究人员报告了疾病管理方式的变化,从免疫球蛋白替代疗法转变为造血干细胞移植疗法。对于另外15名DNA修复系统存在变异的患者,癌症筛查被添加到他们的日常管理中。外显子组测序还建议49个家庭在生育之前进行遗传咨询,结果有25个家庭选择了产前诊断。

Hammarström及其同事进一步估计,如果他们仅仅依靠靶向测序,那么大约40%的确诊患者中的致病变异无法被发现。基于此,他们建议采用高通量的基因组方法作为PAD患者的一线筛查工具。

“将新一代测序作为对PAD患者进行分子诊断的第一步,这对于患者及其家属的管理和治疗是至关重要的,”他们写道。(生物通 薄荷)

原文检索

Clinical implications of systematic phenotyping and exome sequencing in patients with primary antibody deficiency

Genetics in Medicine (2018)

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