世界上，几乎80%的糖都来自甘蔗。与其他栽培植物一样，甘蔗育种也进入了分子生物学时代。可惜，到目前为止因为缺乏参考序列，甘蔗品种育种计划仍仅限于杂交，其次是常规的、非常繁琐的田间评估。

甘蔗育种新纪元

植物基因组非常复杂，传统的测序技术几乎无用。作为最后一种主要培育作物，甘蔗的基因组至今仍不完整。如今，法国国际农业研究中心利用一种新型测序方法，首次建立的甘蔗参考序列。有了参考序列可以通过分子筛技术补充田间试验，这是一个重大突破。

研究小组采用了一个巧妙的方法。20年前，法国国际农业研究中心发现甘蔗和高粱的基因组结构非常相似，这种现象的专业术语叫“共线性（colinearity）”，说明它们存在一定程度的并行性，即许多基因以相同的顺序出现。

这篇发表在Nature Communications的文章一作Olivier Garsmeur研究员利用高粱基因组作为模板，将甘蔗染色体片段组装后重新选择，成功获得了质量极高的甘蔗栽培品种R570品系的参考序列。

该参考序列是对甘蔗基因组进行完全测序和更有效地分析各种甘蔗品种之间差异的重要步骤。

2012年Angélique D'Hont面对香蕉基因组时也有同感，她说：“一个物种的参考序列能从根本上改变该物种的所有基因组，并具有更广泛的遗传影响。”

突破技术局限，第三代测序-单分子实时（SMRT）测序技术结合光学图谱挖掘基因组暗物质

编者按：甘蔗基因组为什么复杂？

甘蔗基因组的复杂性来自以下几个原因：1）多倍体（每个染色体目录含有更多拷贝）；2）非整倍体（根据染色体类别拷贝数有异）；3）染色体双特异性起源；4）结构差异与种间染色体重组

原文检索：A mosaic monoploid reference sequence for the highly complex genome of sugarcane