辞旧迎新，ChIP都有哪些新玩法
【字体： 大 中 小 】 www.yiwulimax.com 时间：2015年12月31日 来源：生物通
摘要：
染色质免疫共沉淀ChIP的基础理念多年来并没有太大的改变，但开发者们一直在不断进行着优化。在辞旧迎新之际，让我们看看ChIP领域都有哪些值得期待的新东西。
生物通报道：如果研究者们想知道蛋白在做什么，他们通常会采取直接的方式：免疫共沉淀能知道蛋白A和蛋白B有没有在一起，ChIP能确定蛋白A是否与核酸序列B结合。
染色质免疫共沉淀ChIP可以鉴定与指定蛋白结合的DNA序列，其基础理念能追溯到几十年前。如今ChIP已经成为了表观基因组学的一个基本工具，与新一代测序联合使用可以实现基因组调控区域的定位和图谱分析。
过去人们倾向于将大部分精力放在蛋白编码区域，斯坦福大学医学院的Michael Snyder教授说。“很明显调控区域也是非常重要的。ChIP差不多是找出这些调控区域的最佳途径。”
ChIP实验主要是通过交联把蛋白质-DNA互作固定下来，破碎细胞并释放其中的染色质。随后将DNA打碎成小片段，用针对靶蛋白的抗体捕获我们想要的DNA。最后去除交联复原DNA，再通过PCR、DNA芯片或测序进行检测。
ChIP的基础理念多年来并没有太大的改变，但开发者们一直在不断进行着优化。在辞旧迎新之际，让我们看看ChIP领域都有哪些值得期待的新东西。（延伸阅读：成功ChIP的三大秘诀）
处理低量细胞
传统ChIP往往需要使用大量的细胞，一百万甚至更多。对于成天与临床样本打交道的研究者而言，FACS分选细胞和FFPE细胞很难达到这样的要求。
在这种情况下，Active Motif公司的ChIP-IT® High Sensitivity kit就是一个不错的选择。从产品资料上看，这种试剂盒适合处理低量细胞（1000个细胞）或低丰度蛋白（50,000个细胞），尤其是一些稀有转录因子。“这是目前我们最畅销的产品之一，”该公司的产品经理Kyle Hondorp说。
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如果你想要对这样获得的DNA进行测序，可以试一试Kapa Biosystems公司的KAPA Hyper Prep Kit。这种试剂盒能用ChIP生成的低量DNA（100 pg）构建测序文库，Kapa公司的支持和应用经理Adriana Geldart介绍道。
最近Active Motif公司还发布了低量细胞的ChIP-Seq技术服务，你只需要提供一万个细胞，就能将相关工作丢给他们去做。
固态ChIP
传统ChIP通过偶联蛋白A或蛋白G的琼脂糖或磁性微珠，来沉淀抗体-染色质复合物。Chromatrap公司将这个过程改造成一种基于过滤器的新方法。
Chromatrap分析用蛋白A或蛋白G包被的多孔过滤器取代微珠，省去了许多ChIP相关的传统液体处理步骤。“它基本上是一种固态ChIP分析，”Chromatrap公司的Stephen Knight指出。
这种方式可以显著减少洗脱和移液步骤中的样本损失，“我们加样之后，样品就留在基质中，”产品开发经理Amy Beynon说，“洗脱只需30秒，而微珠需要五分钟。”当然，这也大大缩短了ChIP所需的时间。
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