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QIAGEN专家谈液体活检的潜力和挑战

【字体: www.yiwulimax.com 时间:2016年6月27日 来源:生物通

摘要:

  液体活检这个词首先出现于1948年。不过,在最近几年,借助最近的基因组学技术,它才重新进入人们的视野。液体活检对癌症研究而言有哪些潜力,在处理CTC和ctDNA时又会面临哪些挑战?QIAGEN的Myriam Benbrahim在博客中作了介绍。

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对于癌症这个“头号杀手”,世界各地的研究小组一直在努力,希望能更深入地了解它如何发生,如何发展。如今,癌症研究领域出现了一种新方法 – 液体活检(liquid biopsy)。它能够收集循环肿瘤细胞(CTC)和游离肿瘤DNA(ctDNA),以此监控癌症的进程。

液体活检这个词首先出现于1948年。不过,在最近几年,借助最近的基因组学技术,它才重新进入人们的视野。液体活检对癌症研究而言有哪些潜力,在处理CTC和ctDNA时又会面临哪些挑战?QIAGEN的Myriam Benbrahim在博客中作了介绍。

CTC的一个主要挑战在于它们很稀少。即使经过富集步骤,检测一个人血液样本中的CTC仍然需要十分灵敏的技术。

CellSearch的平台是最早经过FDA批准的CTC检测系统。它采集7.5 mL血液样本,通过免疫捕获技术,富集表达上皮标志物EpCAM的细胞。同时,在分析过程中,利用抗体来识别可能污染样本的白细胞。不过,对于经历了上皮间质转化(EMT)、失去了上皮标志物的细胞来说,它存在限制。

第二个想法是利用成像系统来研究富含CTC的细胞群。Epic Sciences的系统是一个例子,它根据细胞的形态以及CK和CD45的表达来富集,之后利用FISH来实现深度基因组学分析。

其他的CTC富集方法,比如AdnaTest,利用包被有细胞和癌症特异的生物标志物的磁珠来过滤细胞,随后通过RT-PCR来分析基因表达。

对癌症的液体活检研究而言,ctDNA表现出很好的前景。研究表明,游离DNA的水平随疾病的进程而增加。由于ctDNA包含了来自原发肿瘤的点突变或拷贝数突变,这是研究疾病进展的一大利器。

ctDNA相对于CTC的另一个优势是它更容易分离,随后通过实时定量PCR或数字PCR的分析,可了解已知的点突变和非常低的等位基因组分,或者通过靶向深度测序,对血浆DNA中的特定基因组区域进行测序。

ctDNA分析也面临一些挑战。首先,样本采集和稳定方法可能对结果产生重大影响。PAXgene技术的开发是为了从全血标本中分离基因组DNA。此外,过多关注DNA的变化,可能意味着转录本和蛋白标志物的变化被遗漏。

尽管存在这些挑战,但CTC和ctDNA的潜力也是显而易见的。CTC分析让人们能够分析整个细胞,包括RNA和蛋白质。相比之下,ctDNA更容易采集,开展更高通量的分析。这两种技术相结合有望帮助癌症研究人员发现疾病的许多秘密。(生物通 薄荷)

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