在流式分析中，细胞或颗粒溶液被聚焦成一束，以一定速度从流动室喷嘴中喷出。常见的聚焦机制是流体力学聚焦，其中细胞溶液被鞘液包裹和推动。通过调整鞘液的速度，你可以调整直径，从而调整单细胞悬液的通量；鞘液速度快，意味着细胞束窄，增加了每次只有一个细胞通过检测器的可能性。对于高通量药物筛选或T细胞免疫分型，这很有用。

声波聚焦是替代流体力学聚焦的另一种方法，它利用超声波将细胞置于单个聚焦线上。声波聚焦有助于确保每次只有一个细胞通过，同时维持比较高的通量。这种技术在寻找稀有细胞时特别有用，比如寻找血液中的循环肿瘤细胞（CTC）。赛默飞世尔的Attune NxT仪器就使用了这种声波聚焦技术。【详细】

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在许多流式系统中，光的散射以两种方式被监控。前向散射光（FSC）带来细胞大小或表面积的信息。较小的细胞折射较少的光，而较大的细胞折射较多的光。第二种是侧向散射光（SSC），它提供了细胞复杂度的信息或内部结构的检测。综合这两个测量结果，研究人员可确定多个参数和功能，从而区分不同的细胞类型。

光散射模式只是提供了细胞的物理信息。若要拷问细胞的分子特征（如基因表达、蛋白定位或细胞周期的状态），细胞必须经过某种方式的标记。这通常使用荧光染料或荧光标记的抗体或纳米颗粒来实现的。染料、抗体和纳米颗粒的选择在很大程度上取决于应用和目标。【详细】

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近年来，市场上也涌现出一些新颖的流式细胞仪，如成像流式细胞仪（默克的ImageStreamX MarkII平台）。这些仪器不仅能提供荧光标记的强度信息，还能提供这些标记在细胞内的精确定位。对那些监控蛋白转位或细胞信号的实验而言，这特别有用。

其他一些技术也正与流式细胞技术相融合。质谱流式细胞技术的核心就是：流式细胞技术与质谱技术。对于Fluidigm的质谱流式细胞技术CyTOF（Cytometry by Time-Of-Flight），其原理简单来说是利用质谱原理对单细胞进行多参数检测的流式技术，既继承了传统流式细胞仪的高速分析的特点，又具有质谱检测的高分辨能力。

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在鉴定细胞或颗粒之后，我们通常需要进一步的分析，利用新一代测序（NGS）或数字PCR（dPCR）这样的技术，或者培养细胞，用于治疗等目的。这时，流式细胞仪的分选功能就显得很重要。

流式细胞仪通常每秒形成1万至10万个液滴。事件检测和液滴形成之间的精确距离被称为液滴延迟。这是一个关键参数，可确保收集的液滴携带了触发事件的细胞。之前，液滴延迟的测定是一个费力的过程，需要多年的训练。不过最近，这个过程已在一些仪器（如Bio-Rad的S3e和BD Biosciences的FACSAria Fusion）上自动化。【详细】

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